-Tid är ofta avgörande vid cancer, säger patologen och docenten Felix Haglund de Flon, som lett den banbrytande studien där helgenomsekvensering använts för att analysera alla misstänkta sarkomfall på Karolinska Universitetssjukhuset.
-Metoden förändrar inte bara patologins arbetsmetoder, utan framför allt förbättrar den diagnostikens precision och öppnar därmed för nya behandlingsmöjligheter och i förlängningen ökad överlevnad.
Det är kanske inte så många som vet vad en patolog är eller gör. Det är i så fall inte så konstigt, för som patient har man sällan personlig kontakt med denna läkarspecialitet. Patologen ägnar nästan all sin tid åt att undersöka olika sorters vävnadsprover för att fastställa diagnoser. Det är hos patologen som exempelvis biopsier hamnar för analys.
-Tidigare har vi patologer varit rena bildtolkare, vi har studerat prover genom mikroskopiska bildanalyser, berättar Felix. Det är lite som när konstkännare kan avgöra om en tavla är en äkta eller falsk Monet genom att studera penseldrag. Det är svårt och kräver stor erfarenhet för att ställa rätt diagnos i denna typ av heterogen cancer.
Helgenomsekvensering är en avancerad genetisk analys som är ingången till en ny era, där diagnostik inte längre enbart baseras på bildtolkning.
-Man kan säga att vi går från subjektiva bedömningar till mer objektiva fakta, förklarar Felix.
Cancer beror på genetiska mutationer
I vårt DNA finns en genetisk kod som består av fyra olika bokstäver. Ett helt mänskligt genom består av sex miljarder sådana bokstäver. Fel uppstår ofta i denna genetiska kod och behöver 3 inte påverka hälsan. Cancer uppstår när celler genom genetiska mutationer förlorar kontrollen över sin tillväxt och delning.
-Om man ser det som en enorm bok så kan ett enda litet stavfel i den ge upphov till att en tumör uppkommer. I DNA så har vi gener som betyder olika saker. Och vissa gener är nycklar till hur fort en cell ska växa eller dö, broms eller gas. Om vi får en mutation i de generna så kan den antingen slå ut en broms eller slå på en gas, och det är en grundmekanism till hur tumörer bildas oavsett om de är godartade eller elakartade.
-Om vi tittar på allt DNA för att hitta mutationer som ger upphov till cancer och skriver ut bokstavskombinationerna på A4 papper så blir det 15 kilometer papper i ett prov, så det är otroligt stora datamängder.
Metoden spar tid, pengar och liv
Felix Haglund de Flon berättar att det tidigare krävdes flera olika metoder för att analysera tumörers genetiska egenskaper, vilket var både tidskrävande och dyrt.
-Du sparar tid med helgenomsekvensering, vilket ofta är avgörande vid cancer. Dessutom är det så att du som patolog ibland inte vet exakt vad du letar efter. Helgenomsekvensering ger en heltäckande bild.
-Den stora vinsten är att förbättra säkerheten i diagnostiken, menar Felix. Om du i en biopsi får ungefär två millimeter vävnad av en tumör som är 15 centimeter stor så kan man inte uttrycka sig så kategoriskt eller svartvitt. Våra patologiutlåtanden har nästan varit som juridiska dokument. Vi har använt formuleringar som ”bilden är bäst förenlig med det här” eller ”bilden kan vara förenligt med det här” och det är ju för att uttrycka att vi har en osäkerhet i vår diagnostik.
Klokare i användandet av befintliga verktyg
Helgenomsekvensering kan avslöja nya mutationer och genetiska förändringar så att företagen kan ta fram läkemedel för dessa. Men sannolikt kommer det bli betydligt vanligare att man upptäcker genetiska mönster som korresponderar mot redan befintliga cancerläkemedel, men som man inte visste passade på just dessa.
-Den stora vinsten för vården och patienterna är att vi blir klokare i hur vi använder de verktyg och vapen som vi har idag, säger patolog Felix.
Ett exempel på detta är tumörer som har många mutationer runt sig och som därför stänger av kroppens immunförsvar.
-Ser vi en sådan profil så kan vi ge patienten ett läkemedel som återaktiverar immunförsvaret igen och då kan man få riktigt, riktigt bra effekt.
Klinisk rutin har redan gjort skillnad
Nu har helgenomsekvensering för vid misstänkt sarkom införts i klinisk rutin. Och det har redan givit effekt.
-Det riktigt svåra är när sarkom spritt sig, då har vi tidigare inte haft så många verktyg kvar och det är naturligtvis ett svårt besked för patienten. Det var därför fantastiskt att se det första patientfallet efter det att studien blev färdig. Genom helgenomsekvenseringen såg vi att om patientens sarkom skulle sprida sig så finns det ett läkemedel som slår ut tumören, det hade vi inte sett annars, berättar Felix Haglund de Flon entusiastiskt.
Helgenomsekvensering kommer sannolikt inte hjälpa alla patienter, men i en framtid kan kanske hälften av sarkompatienterna få målinriktade behandlingar som annars hade förbisetts.
-Men det är svårt att veta, utvecklingen går så otroligt fort. Detta är en utveckling som får IT-utvecklingen för några decennier sedan att blekna i hastighet. Kostnaden för att sekvensera ett mänskligt genom för bara några decennier sedan var ett miljardprojekt men är nu nere på en promille av den ursprungliga kostnaden och kan göras på några dagar.
-Det är helt klart ett paradigmskifte och ger hopp i det mörker som präglat sarkom och andra sjukdomar så länge, avslutar Felix Haglund de Flon.